Le rôle principal de l’Office des eaux du Nunavut est de délivrer des permis d’utilisation de l’eau et du rejet des déchets. L’Office doit prendre en considération - dans l’exercice de ce pouvoir de délivrance de permis - tous les effets potentiels de l’utilisation de l’eau ou du rejet des déchets sur les autres utilisateurs de l’eau et mener des enquêtes publiques lorsque c’est nécessaire. L’Office détient des responsabilités et des pouvoirs sur l’usage, la gestion et la règlementation des eaux intérieures du Nunavut et son mandat est de subvenir aux besoins de la conservation et de l’utilisation des eaux du Nunavut – sauf celles des parcs nationaux- au plus grand profit des résidents du Nunavut en particulier et du Canada en général.

Pour y parvenir, l’OEN utilise des méthodologies tirées de l’hydrologie et de l’hydrogéologie parmi d’autres disciplines scientifiques et pondère les requêtes présentées dans la demande de permis avec la législation et les lois portant sur les eaux intérieures de surface et souterraine appropriées.

L’OEN agit en relation étroite avec le gouvernement et d’autres parties et s’intègre dans un mode de gestion plus vaste constitué d’autres organismes publics comprenant le Tribunal des droits de surface du Nunavut (Nunavut Surface Rights Tribunal), la Commission du Nunavut chargée de l'examen des répercussions (Nunavut Impact Review Board) et la Commission d'aménagement du Nunavut ainsi que d’autres corps de gestion des terres et des ressources comme le Conseil de gestion des ressources fauniques du Nunavut (Nunavut Wildlife Management Board), des organisations régionales des ressources fauniques et des organisations régionales de chasseurs et de trappeurs. Il est requis de l’OEN de collaborer tout particulièrement avec la Commission d'aménagement du Nunavut pour l’élaboration des plans d’aménagement du territoire qui touchent les eaux ainsi que la Commission du Nunavut chargée de l'examen des répercussions pour évaluer les répercussions environnementales et socio-économiques des projets portant sur l’eau.